Le cacao traditionnel du Pérou se dévoile sous la forme de quatre nouvelles variétés.

Des chercheurs ont identifié quatre nouvelles lignées génétiques chez les cacaoyers traditionnels cultivés dans les régions indigènes et amazoniennes du Pérou. L’étude a analysé 390 cacaoyers (Theobroma cacao) provenant de huit départements péruviens et a utilisé 192 marqueurs SNP pour évaluer l’identité génétique, la différenciation entre les groupes, la phylogénie et l’ascendance (DOI 10.1371/journal.pone.0351690).

Les nouvelles populations ont été associées à quatre clades. Le clade I a été nommé Chuncho 1, le clade II Awajun, le clade III Porcelana et le clade IV Chuncho 2. Les données indiquent une relation entre ces lignées et des groupes génétiques connus du cacaoyer. Chuncho 2 est associé à Contamana, Chuncho 1 à Púrus, et Awajun et Porcelana à Nacional.

L'étude a porté sur du matériel provenant des départements d'Amazonas, d'Ayacucho, de Cajamarca, de Cusco, de Madre de Dios, de Piura, de San Martín et d'Ucayali. Les arbres échantillonnés étaient âgés d'environ 50 ans, selon les connaissances traditionnelles des agriculteurs. Ce matériel représente des lignées traditionnelles non améliorées et du matériel génétique sauvage ou semi-sauvage primaire.

Mélange génétique

Les chercheurs ont constaté un brassage génétique variable parmi les échantillons. Ces derniers contenaient des individus issus de populations pures et d'autres présentant un ascendance mixte avec les variétés Amelonado, Contamana, Criollo, Curaray, Guyana, Iquitos, Marañon, Nacional, Nanay et Púrus. Ce résultat confirme l'existence d'une diversité régionale dans le cacao péruvien. Chaque région a conservé sa propre composition génétique, malgré les liens génétiques entre les départements.

Quatre clades regroupaient 313 des 390 arbres analysés, soit 80,3 % des échantillons. Le clade I comprenait 45 échantillons, principalement de Cusco et d'Ayacucho. Le clade II comprenait 52 échantillons, majoritairement d'Amazonas. Le clade III comprenait 99 échantillons, avec une forte présence d'Amazonas et de Piura. Le clade IV comprenait 117 échantillons, majoritairement de Cusco et d'Ayacucho.

L'analyse d'identité a révélé 25 groupes d'échantillons dupliqués. La plupart de ces groupes se situaient dans le même département. Cette configuration suggère une propagation locale des génotypes, probablement due à l'utilisation répétée de plantes sélectionnées par les agriculteurs. Les départements de Piura, Ayacucho et Cusco présentaient la plus forte concentration de doublons.

Base de données

L'étude a également comparé les échantillons péruviens à une base de données du Centre de recherche sur le cacao de l'Université des Antilles. Cette base de données contient plus de 27 000 échantillons provenant de 32 pays. Une seule correspondance a été trouvée : l'échantillon CCA015, de Condorcanqui, en Amazonie, correspondait au cultivar CCN 51.

L'ascendance de CCN 51 a été réinterprétée dans cette étude. Le cultivar présentait une composition estimée à 15 % d'Amelonado, 13 % de Criollo, 25 % d'Iquitos et 45 % d'Awajun. Selon les chercheurs, ce résultat modifie l'interprétation de l'origine génétique du matériel et rattache une part importante de son ascendance à l'une des nouvelles lignées péruviennes.