L'Atlas 3D révèle l'organisation du génome du kiwi.

Des chercheurs de l'Université agricole et forestière du Zhejiang et de l'Université du Zhejiang ont construit un atlas tridimensionnel du génome du kiwi (Actinidia chinensis). Leurs travaux ont analysé les tissus foliaires et fruitiers et établi un lien entre l'organisation de la chromatine, les marques épigénétiques et l'expression des gènes.

L'équipe a produit des cartes de capture de conformation chromosomique Hi-C in situ. L'expérience a regroupé trois répétitions biologiques par tissu et généré environ 6,51 milliards de lectures appariées. Les scientifiques ont intégré ces données à des analyses d'accessibilité de la chromatine, de méthylation de l'ADN, de sept modifications d'histones et de séquençage d'ARN.

L'atlas a identifié des compartiments A et B, des sous-compartiments hiérarchiques, des domaines de type TAD et des boucles de chromatine. Feuilles et fruits présentaient une organisation globale similaire. Des différences sont apparues à des échelles plus fines. Les fruits concentraient davantage de contacts à courte distance, tandis que les feuilles présentaient une proportion plus élevée d'interactions à longue distance.

Les sous-compartiments de type B occupaient environ 55 à 60 % du génome. Ces régions concentraient les éléments transposables, la méthylation de l'ADN et les marqueurs associés à la répression génique. Les régions de type A présentaient une activité transcriptionnelle plus importante et des marqueurs de chromatine active.

L'étude a identifié 68 gènes présentant une expression prédominante dans les fruits. Parmi ceux-ci, 63 étaient présents dans des domaines de type TAD, à la fois dans les feuilles et les fruits. Plus de 60 % de ces gènes étaient localisés dans le compartiment B du tissu du fruit. Seuls huit d'entre eux coïncidaient avec des points d'ancrage de boucles de chromatine.

Les résultats indiquent une corrélation plus forte entre l'expression spécifique aux fruits et l'organisation locale des domaines de chromatine. Les boucles à longue distance présentent une association limitée avec les différences d'expression entre les feuilles et les fruits. Cet atlas constitue une référence pour les études fonctionnelles et évolutives chez les arbres fruitiers pérennes (doi 10.1093/hr/uhag076).