Les symptômes de pourriture et de bris de la tige du soja se multiplient lors de la récolte 2024

Des plants de soja présentant des symptômes de pourriture et de rupture de tige ont été observés dans l'État du Mato Grosso, et récemment ce problème s'est étendu à d'autres États du Brésil. Des recherches récentes ont montré que le champignon Diaporthé (sans pour autant. Phomopsis) est le principal agent pathogène récupéré à partir de plantes symptomatiques. Dans les zones à forte incidence, les structures reproductrices du champignon peuvent être observées dans les tissus externes des tiges (Figure 1A, 1B et 1C). Selon la sensibilité des cultivars de soja et les conditions climatiques favorables au développement du pathogène, dans les cas les plus graves, le symptôme caractéristique est la rupture des tiges, qui se produit à environ 5 à 10 cm du sol (Figure 1D et 1E).

Des travaux publiés dans d’autres pays producteurs de soja ont rapporté, par exemple, la présence de plusieurs espèces de Diaporthé isolé à partir de symptômes de pourriture dans les gousses et les grains. La croissance mycélienne de ces espèces est morphologiquement très similaire et rend impossible l’identification correcte des espèces. Cependant, il est important d’identifier correctement les espèces de Diaporthe qui peuvent être à l’origine des symptômes de pourriture et de rupture de la tige chez le soja.

L'objectif de cette recherche était d'identifier, grâce à l'utilisation d'outils de biologie moléculaire, tels que le séquençage de l'ADN, les espèces de Diaporthe spp. prédominant dans les plants de soja qui présentent des symptômes de pourriture et de bris de la tige.

Méthodologie utilisée

Des plantes symptomatiques ont été collectées dans les États de Rio Grande do Sul, Santa Catarina et Paraná, lors de la récolte 2024. Plus de 50 échantillons de plants de soja ont été collectés dans des zones commerciales et analysés en laboratoire. À partir de ces échantillons, 90 isolats de Diaporthé spp.

Le champignon a été isolé directement, grâce à l’identification des structures présentes dans ses tiges. Ces structures ont été transférées dans le milieu de culture PDA (agar dextrose pomme de terre) et maintenues à une température de 24°C±2°C, dans une photopériode de 12 heures.

Après isolement et purification des isolats, la croissance mycélienne de chaque isolat a été transférée individuellement dans un microtube pour l'extraction d'ADN, l'analyse de la séquence d'ADN et l'identification des espèces, en utilisant certaines régions du génome (ITS, TUB2 et EF1-α).

Les électrophérogrammes (exemple dans la figure 2) ont été analysés et des séquences consensus ont été générées et utilisées dans des analyses de similarité avec des séquences d'espèces connues et accessibles au public.

Résultats obtenus

les espèces D. ueckeri e D. longicolla sont les deux qui sont associés aux symptômes de rupture de tige dans les plants de soja symptomatiques. Sur les 90 isolats analysés et provenant des trois États, 38 (42,2 %) ont été identifiés comme D. ueckeri et 52 (57,8 %) comme D. longicolla, montrant une prédominance de cette espèce dans la région Sud.

Comparativement, dans une autre étude avec des échantillons collectés dans le Cerrado, plus précisément dans le Mato Grosso, sur 68 isolats récupérés, 50 ont été identifiés comme D. ueckeri, montrant ainsi une prédominance de cette espèce dans le Cerrado. Différences dans les séquences d'ADN de deux échantillons, l'un provenant D. ueckeri et un autre de D. longicolla, sont mis en évidence dans la figure 2.

Les deux espèces récupérées sont largement réparties dans tous les États échantillonnés, Paraná, Santa Catarina et Rio Grande do Sul (Figure 3). Cependant, sur les 30 isolats analysés à partir d'échantillons du Rio Grande do Sul, 27 ont été identifiés comme D. longicolla.

Sur les 90 isolats analysés, aucun n’a été identifié comme étant D. caulivora ou D. aspalathi, ce qui montre que les cultivars actuellement plantés présentent encore une résistance à ces deux espèces, principalement D. aspalathi.

Diagnostic correct

L'identification correcte des agents pathogènes associés aux symptômes de pourriture et de rupture de la tige est devenue un nouveau défi depuis les récoltes 2019/2020 au Brésil. Un diagnostic correct, grâce à la combinaison d'analyses morphologiques des structures de l'agent pathogène et à l'utilisation d'outils de biologie moléculaire, est essentiel pour aider à la gestion adéquate des agents pathogènes et atténuer les dommages observés lors des récentes récoltes. Principalement parce que, à l’heure actuelle, le comportement génétique des cultivars commerciaux en ce qui concerne la résistance à D. ueckeri e D. longicolla.

En attendant que les sources de gènes de résistance soient identifiées et que des cultivars dotés d’un certain niveau de résistance soient développés, d’autres outils de gestion, tels que la rotation des cultures non hôtes et l’application de fongicides, sont essentiels pour atténuer les dommages futurs.

Considérations finales

Dans cette recherche, nous avons observé que, lors de la récolte de 2024, l'espèce D. ueckeri e D. longicolla Les résultats obtenus, ainsi que ceux obtenus dans les études précédentes qui ont observé les deux espèces dans le Cerrado, montrent qu'elles sont réparties dans toutes les régions productrices de soja du Brésil. De plus, aucun isolat de D. aspalathi e D. caulivora de plantes symptomatiques, montrant l'émergence de D. ueckeri e D. longicolla dans les gousses et les tiges de soja.

Par Flávia Elis de Mello, Sandra Marisa Mathioni, Stéphane Pereira de Jésus, Éric Hirata e Douglas Braga Marques (Syngenta Crop Protection Ltd.)